Научная специальность 2.3.5 «Математическое и программное обеспечение вычислительных систем, комплексов и компьютерных сетей» охватывает широкий спектр исследований. В ее рамках проводятся исследования по разработке моделей, методов и алгоритмов проектирования, анализа, трансформации, верификации и тестирования программ и программных систем. Осуществляется изучение языков программирования, систем программирования и семантики программ, а также моделей, методов, архитектур и алгоритмов организации взаимодействия программ и программных систем. Также активно исследуются интеллектуальные системы машинного обучения, управления базами данных и знаний, программные системы символьных вычислений, операционные системы. Важным направлением является исследование моделей и методов создания программ и программных систем для параллельной и распределенной обработки данных, а также организация глобально распределенной обработки данных с использованием облачных технологий и программной инфраструктуры. Другие направления включают в себя оценку качества, стандартизацию и сопровождение программных систем.